Классические большие комфортабельные каменные дома, построенные в македонском стиле, свидетельствуют о финансовом благополучии и пополнении населения деревни в прошлом. Деревня находится на высоте 750 м., на востоке от реки Нестос и на севере от поселения Катахлоро недалеко от болгарской границы. На западе находятся поселения Пир, Микроклисура и заброшенная деревня Ахладомилья. Названия деревни происходит от слова "пагоменос", что значит холодный, и "неро", что значит вода. По словам жителей поселения, вода в водоёмах деревни холодная летом и тёплая зимой. На церкви со знаменитой колокольней висит эмблема, изображающая холодную воду. Эта церковь - первое, что видит путешественник, когда въезжает в город. Она была построенв в 1835 г., а часовня, согласно надписи на ней, - в 1832 г. Предыдущее название деревни было "Тсересово", относительно этимологии этого топонима существуют две теории. Согласно первой, оно происходит от турецкого слова "тсеру", которое значит "здоровый". Согласно второй, название произошло от слова "тсао", что значит холм. Пагонери является зоной отдыха.