Сградата на музея, проектирана от архитекта Арис Константинидис, е модерен архитектурен шедьовър в града. Геометричната структура, покривите с различна височина, капандурите и прозорците, атриумите, вътрешните и външните козирки, прозорците с отделни капандури, дървените рамки с метални капаци, таваните с видими отпечатъци от дървени калъпи и ниската ограда, която обгражда градината с боровите дървета, допринасят за отличителния ѝ дизайн. Музеят е открит през 1976 г.

Изложбите обхващат периода от неолита до византийския период и са представени в хронологичен ред, без да се отделят местните разкопки. Целта е да се покажат подбрани, представителни находки от най-значимите археологически обекти, които предлагат на посетителите цялостен преглед на праисторията и историята на Егейска Тракия. Всички експонати подчертават значението на гръцкото присъствие в северната част на Егейско море и творческата еволюция на гръцкото изкуство и култура в този отдалечен северен регион през античността. Основната експозиция на музея представя артефакти от праисторически обекти (неолит и желязна епоха), гръцки колонии, светилища, римски селища и гробища. Акцентите в изложбите включват: а) надгробна плоча (450-400 г. пр.н.е.), на която покойникът е изобразен стоящ с къса туника и хламида, прощаващ се със света на живите; б) червено оформено пелике (440 г. пр.н.е.) с изображения, от едната страна с аполонова тематика, а от другата с дионисиева тематика; в) вотивен релеф на Тракийския конник -  емблема на Комотини от 1992 г., - изобразен с копие в дясната ръка, а отляво - дърво с навита змия и под олтар, дива свиня и куче, I в. пр. н. е; г) саркофаг (500 г. пр. н. е.) с изображения от Абдера ; д) амфиграфска надгробна плоча (500 г. пр. н. е.) (Археологически музей на Атина 40 -Комотини), където на основната страна е изобразен мъртвец, а на гърба - роб с ловно куче. Горната част на стелата е изложена в Националния археологически музей в Атина, а тази в Комотини е реплика. Един от най-забележителните артефакти в музея е златният бюст на Септимий Север (193-211 г.), донесен от имагиниферите на римската армия.

Музеят предлага образователни програми за ученици от началното и средното училище, придружени от учебни материали и специално разработени брошури.