Clădirea muzeului, proiectată de arhitectul Aris Konstantinidis, reprezintă o capodoperă a arhitecturii moderne a orașului. Structura sa geometrică, acoperișurile de diferite înălțimi cu lucarne și ferestre, atriumurile, copertinele interioare și exterioare, ferestrele cu lucarne separate, cadrele din lemn cu obloane metalice, tavanele care poartă amprentele vizibile ale matrițelor din lemn și un gard de zid jos care înconjoară grădina cu pinii săi contribuie la designul său distinctiv. Muzeul a fost inaugurat în 1976.

Expozițiile acoperă perioada de la neolitic până la epoca bizantină și sunt prezentate în ordine cronologică, fără separarea seturilor de săpături locale. Scopul este de a prezenta descoperiri selectate și reprezentative din cele mai importante situri arheologice, oferind vizitatorilor o imagine de ansamblu cuprinzătoare asupra preistoriei și istoriei Traciei Egee. Toate exponatele evidențiază importanța prezenței grecești în nordul Mării Egee și evoluția creativă a artei și culturii grecești în această regiune nordică îndepărtată în perioada antichității. Expoziția principală a Muzeului prezintă artefacte din situri preistorice (neolitic și epoca fierului), colonii grecești, sanctuare, așezări romane și cimitire. Cele mai importante exponate includ: a) o piatră funerară (450-400 î.Hr.), cu defunctul reprezentat în picioare, cu o tunică scurtă și chlamys, luându-și rămas bun de la lumea celor vii; b) un pelike de formă roșie (440 î.Hr.) cu reprezentări, pe o parte cu o temă apolinică și pe cealaltă cu o temă dionisiacă; c) un relief votiv al călărețului trac - din 1992 emblema Komotini -, reprezentat cu o suliță în mâna dreaptă și în stânga un copac cu un șarpe încolăcit și sub un altar, un mistreț și un câine, secolul I î.Hr; d) un sarcofag (500 î.Hr.) cu reprezentări din Abdera; e) o piatră funerară amfigrafică (500 î.Hr.) (Muzeul Arheologic din Atena 40 -Komotini) în care pe partea principală este reprezentat mortul, iar pe spate sclavul cu câinele de vânătoare. Partea superioară a stelei este expusă în Muzeul Arheologic Național din Atena, în timp ce cea din Komotini este o replică. Unul dintre cele mai remarcabile artefacte ale muzeului este bustul de aur al lui Septimius Severus (193-211 d.Hr.), adus de imaginiferi ai armatei romane.

În plus, muzeul oferă programe educaționale pentru elevii de școală primară și gimnazială, însoțite de materiale didactice și broșuri special concepute.