Le bâtiment du musée, conçu par l'architecte Aris Konstantinidis, est considéré comme un chef-d'œuvre de l'architecture moderne de la ville. Sa structure géométrique, ses toits de différentes hauteurs avec des lucarnes et des fenêtres, ses atriums, ses auvents intérieurs et extérieurs, ses fenêtres avec des lucarnes séparées, ses cadres en bois avec des volets métalliques, ses plafonds portant les empreintes visibles de moules en bois, et un muret de clôture qui entoure le jardin avec ses pins, sont des traits distinctifs de sa conception. Le Musée a été inauguré en 1976.

Les expositions couvrent une période allant du Néolithique à l’époque byzantine et sont présentées dans un ordre chronologique, sans distinction entre les différentes fouilles locales. L'objectif est de présenter des pièces sélectionnées et emblématiques des principaux sites archéologiques, afin d'offrir aux visiteurs un aperçu global de la préhistoire et de l'histoire de la Thrace égéenne. Toutes les expositions mettent en valeur l'importance de la présence grecque dans le nord de la mer Égée, ainsi que l'évolution créative de l'art et de la culture grecque dans cette région septentrionale durant l'Antiquité. L'exposition principale du Musée présente des objets provenant de sites préhistoriques (néolithique et âge du fer), de colonies grecques, de sanctuaires, d'établissements romains et de cimetières. Les pièces les plus remarquables sont les suivantes : a) une stèle funéraire (450-400 av. J.-C.) représentant le défunt debout, vêtu d'une tunique courte et d'une chlamyde, faisant ses adieux au monde des vivants ; b) une pélikè à figures rouges (440 av. J.-C.) illustrant, d'un côté, une scène apollinienne et, de l'autre, un thème dionysiaque ; c) un relief votif du cavalier thrace, l'emblème de Komotini depuis 1992, le montrant armé d'une lance dans la main droite et à gauche un arbre avec un serpent enroulé et en dessous d'un autel, un sanglier et un chien, Ier siècle av. J.-C ; d) un sarcophage (500 av. J.-C.) orné de représentations provenant d'Avdira ; e) une stèle funéraire amphigraphique (500 av. J.-C.) (Musée archéologique d'Athènes No 40 -Komotini) dont la face principale représente le défunt et le revers un esclave avec un chien de chasse. La partie supérieure de la stèle est exposée au Musée archéologique national d'Athènes, tandis que celle conservée à Komotini est une réplique. L'un des objets les plus remarquables du musée est le buste en or de Septime Sévère (193-211 ap. J.-C.), apporté par les imaginiferi de l'armée romaine.

Le musée propose des programmes éducatifs pour les élèves des écoles primaires et secondaires, accompagnés de matériel pédagogique et de brochures spécialement conçues à cet effet.